ツァイスは医療機器分野においても、数多くの技術革新を起こしてきました。とくに眼科医療における貢献は目覚ましく、1911年にスウェーデンの医師Allvar Gullstrandとともに、眼科診療には欠かせないスリットランプを初めて開発。これにより医療技術の基礎が築かれ、1912年にはツァイスに医療機器部門が設立されました。その後も眼科機器を次々と開発し、白内障や緑内障の診断、眼科手術・眼内レンズ分野などにおいて医療技術の進歩に貢献しています。また、手術用顕微鏡においてもその優れた光学精度と操作性により高いシェアを獲得。高度な技術を必要とする脳神経外科手術をはじめ、世界中の様々な医療分野でその品質が認められています。